在一些情况下，扁桃体摘除后有利于相关疾病的控制，但也存在一定的风险，因此扁桃体切除术有一定的适应证及禁忌证。特别是儿童，扁桃体对机体具有重要的保护作用。任意切除扁桃体将失去局部的免疫反应，甚至出现免疫监视障碍。

适应证：①慢性扁桃体炎反复急性发作或多次并发扁桃体周围脓肿；②扁桃体过度肥大，妨碍吞咽、呼吸及发音功能；③慢性扁桃体炎已成为引起其他脏器病变的“病灶”，或与邻近器官的病变有关联；④ 白喉带菌者，经保守治疗无效时；⑤各种扁桃体良性肿瘤，可连同扁桃体一并切除，对恶性肿瘤则应慎重选择适应证及手术的范围。

禁忌证：①急性炎症时，一般不施行手术，宜在炎症消退2～3周后切除扁桃体；②.造血系统疾病及有凝血机制障碍者，如再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜、过敏性紫癜等，一般不手术。若扁桃体炎症会导致血液病恶化，必须手术切除术时，应充分准备，精心操作，并在整个围手术期采取综合治疗；③严重全身性疾病，如活动性肺结核、风湿性心脏病、先天性心脏病、关节炎、肾炎、高血压病、精神病等；④在脊髓灰质炎及流感等呼吸道传染病流行季节及流行地区，以及其他急性传染病流行时，或患呼吸道感染疾病期间，不宜手术；⑤妇女月经期间和月经期、妊娠期，不宜手术；⑥患者亲属中免疫球蛋白缺乏或自身免疫病的发病率高，白细胞计数特别低者，不宜手术。